In het kader van de Structuurvisie Zuiderzeelijn is ook een Strategische Milieubeoordeling (SMB) uitgevoerd van de ruimtelijk-economische projecten van het Regiospecifiek Pakket, alternatief voor de Zuiderzeelijn. Doel van de strategische milieubeoordeling (SMB) is om in het stadium van besluitvorming waarin de Zuiderzeelijn zich nu bevindt (aanleg wel of niet), de milieueffecten van de verschillende alternatieven voor de Zuiderzeelijn op hoofdlijnen in kaart te brengen en deze milieueffecten mee te laten wegen in de besluitvorming. Milieueffecten ruimtelijk-economische projecten van het RSP Omvangrijke effecten als gevolg van de ruimtelijk-economische projecten van het RSP op het milieu, zoals die nu met redelijke zekerheid voorzien kunnen worden, zijn er naar verwachting niet. De ZEPP-centrale, de Multi Biorefinery, Groningen Centrale Zone en mogelijk de uitbreiding van het TT-circuit Assen zullen naar verwachting de duidelijkste milieueffecten genereren. Bij de ZEPP-centrale zijn de risico’s van het weglekken van CO2 uit de ondergrond en tijdens het transport en veranderingen in de waterhuishouding mogelijke negatieve effecten. De toepassing van schone technologie voor de elektriciteitsopwekking levert een lagere emissie van CO2 en NOx op. De Multi Biorefinery kan milieuwinst opleveren voor de waterkwaliteit, luchtvervuilende emissies en energie. Een risico is de hier mogelijk optredende geurhinder. Voor Groningen Centrale Zone veroorzaakt de toename van het aantal activiteiten en met name het aantal transportbewegingen (personen en goederen) een mogelijk negatief effect op de leefomgeving. De infrastructurele maatregelen aan de zuidzijde van TT circuit-Assen kunnen effecten hebben op de natuur. De potentiële locaties zijn niet exact aangegeven, waardoor onduidelijk is wat de invloed is op natuurterreinen die onderdeel uitmaken van de EHS. Er is in de informatie al aangegeven dat 200 ha. natuurcompensatie noodzakelijk is ten gevolge van de planvorming rond het circuit. Met uitzondering van de bovengenoemde projecten zijn weinig substantiële directe, primaire milieueffecten te verwachten. In de doorwerking zoals opschaling van deze projecten naar een grote schaalniveau of in de secundaire effecten zijn wel degelijk substantiële milieueffecten mogelijk, zowel in positieve als negatieve zin. Dit doet zich met name voor bij veranderingen in de landbouwkundige teelten en in de energievoorziening. Een algemeen secundair effect van het RSP is dat de economische activiteit in Noord Nederland als geheel toeneemt. Dit zal leiden tot extra vervoersbewegingen, extra ontwikkeling van bedrijventerreinen en woningbouw. Dit zal op zijn beurt ook weer milieuconsequenties hebben. Dit effect speelt echter ook bij de bereikbaarheidsalternatieven. Ten opzichte van de integrale bereikbaarheidsalternatieven (de Zuiderzeelijn) zijn de effecten van de ruimtelijk-economische projecten van het RSP waarschijnlijk geringer.