Het Kabinet bereidt een integrerende brief (RAAM-brief) voor waarin de Rijksbesluiten ten aanzien van de vijf genoemde projecten in onderlinge samenhang zullen worden opgenomen. Deze milieueffectenanalyse is opgesteld om het proces van de RAAM-brief en de afweging van de alternatieven tijdig te voorzien van de belangrijkste inzichten over de milieueffecten en alle relevante milieueffecten systematisch in beeld te brengen.
De milieueffectenanalyse laat zien dat het alternatief Almere West het beste scoort. Dit wordt voornamelijk veroorzaakt doordat in dit alternatief de natuur een sterke impuls krijgt door het tijdig en volledig uitvoeren van de natuurontwikkelende ingrepen. Almere Band scoort als tweede, gevolgd door Almere Alzijdig. De verschillen tussen deze alternatieven zijn voornamelijk toe te schrijven aan de landschappelijke en cultuurhistorische waarden. De alternatieven zijn een stapeling van onderdelen uit vijf verschillende projecten. Zo variëren de bijdragen van de natuurontwikkeling en Lelystad Airport in omvang, intensiteit en tempo van realisatie in de alternatieven, zodat logischerwijs het alternatief met de grootste impact ook de grootste effecten heeft.
Door de aanwezigheid van een functionerend toekomstbestendig ecologisch systeem in de alternatieven zijn natuurinhoudelijk bezien significant negatieve effecten binnen Markermeer en IJmeer redelijkerwijs uit te sluiten, ook wanneer cumulatie meegenomen wordt en kan een ecologisch surplus ontstaan. Er mag echter op dit moment nog niet geconcludeerd worden dat redelijkerwijs significant negatieve effecten uitgesloten kunnen worden (dit geldt voor alle alternatieven). Redenen hiervoor zijn dat met de aanleg van TBES nog geen ervaring is opgedaan (er lopen nog vele onderzoeken), dat de planvorming nog niet concreet genoeg is en dat mitigerende maatregelen bij zandwinning ten behoeve van de woningbouw (alle alternatieven) en in de aanlegfase van de buitendijkse woningbouw (alleen bij West) nog ontbreken.